因科技与工业的过度发展，引发全球的温室效应，导致北极冰块的快速溶化，世界面临了传说中“诺亚的方舟”以后的最严重的大型水患。地形的变化与气候的更动使人类面临了前所未有的大危机，所幸气温渐渐变温暖的北极，成为了人类移居的最佳场所，因此人们开始前往北极，成为人类再一次成长並跃进的一大契机。此又与冰封在北极冰雪之下的古代白玛琪克帝国的复兴，並有其女王希拉三世的移民政策，现代人们便在北极世界展开一场冒险，探索神秘的未知世界，随着现代人们开始接触並学习古代魔法，成为造就全新历史的开始.

    另一方面，正在流行着一种名为“科技战斗装甲”的高科技运动的现代世界中，便出现了一部叫做X－Toy的神秘科技战斗装甲，这正是酷库那惊人阴谋的开始。科技战斗装甲是具备魔法及人工智能的高科技机器人，它拥有超出一般机器的神秘力量，因此所有科技战斗的制作厂商或单位，都须向酷库寻求那魔法人工智能，来完成战斗装甲的最后组装作业。酷库的出现，正代表曾经纯洁的古代魔法师，复活在现代世界而变得愈来愈变质又邪恶的现象，这也表示现代人们对古代魔法世界的憧憬与期待的另一面。

    魔法奇兵正透过酷库的存在，隐喻着看似无所不能的现代数字科技世界，追求古代曾经无所不能的魔法世界，但终究因人类所制作出的自私自利与极不健全的文明成长，而产生足以破坏整个世界的威胁。

    魔法奇兵的帝国有些是位在玛琪克大陆上沉寂一时而重新复苏的魔法帝国，另一类则是由现代人前往玛琪克大陆后，同化到魔法世界所建立的现代型帝国。各城市的小地图中，所提供的各项建筑物及商店的图示如下：

	盾牌/武器商店		杂货商店		城内打怪区传送点		黑魔法商店
	衣服商店		银行		家族建筑		打怪区內传送点
	饰品商店		数码魔兽商店		家族管理所		数码魔兽竞技场
	魔法商店		修理商店		道具中介所		新手地图传送点

各数码魔兽变身场所

白玛琪克(冰雪之城)

白玛琪克是古代魔法奇兵世界的两大势力之一。帝国的君主是希拉三世(女王)，帝国内有万年冰雪、森林以及商店街等，是个非常繁华的都市，可说是初级玩家最常拜访的基础型帝国。内有初级打怪区弱者之地与新手打怪区亚拉克和比立基，并有痛苦呻吟与风雪之地两处的中级打怪区，适合30级以下的玩家进行游戏。

黑玛琪克(魔界之都)

黑玛琪克也是魔法奇兵世界的两大势力之一。这里是古代黑暗魔法师所居住的地方，是与白玛琪克形成强烈对比的帝国。想要利用科技战斗装甲，将现代世界陷入混乱的酷库博士，也是黑玛琪克帝国的古代练金术士之一。黑玛琪克是充满黑暗的帝国，一天10小时中，有长达一半以上的6小时是拢罩在黑暗之中。而且，常会有冰雹、火焰、频繁的彗星降落，这些都有可能导致玩家受到损伤。

罗马利亚(黄金之城)

罗马利亚帝国是现代人进入魔法奇兵世界后，经过经年累月的耕耘，由人们自行建立的全新的帝国。人们舍弃陈旧而腐败的政治与物质主义，改由通过自己的双手，亲自票选出一位玩家，成为罗马利亚的君主。在这之前，则是由NPC暂代其君主的职位。