２０００年４月，伊利集团与黑龙江省大庆市杜尔伯特蒙古族自治县合作，重新组建了杜尔伯特伊利有限责任公司，通过两亿多元的投资，将其建成目前国际上最先进、中国最大、日处理鲜奶６００吨的高级奶粉生产线。年加工鲜奶１８万吨，生产奶粉万吨，销售收入８亿元，年可发放农民奶款２．７亿元，这极大地带动当地经济的发展。紧接着２０００年底，伊利集团与黑龙江省大庆市油花乳制品有限公司合资组建了大庆市伊利乳业有限责任公司，公司投资７４８万元，控股７５％，新公司的成立使伊利集团在东北地区的生产基地进一步扩大。

同年，伊利集团着眼于全国性发展的战略布局，决定在北京密云县投资１．１亿元兴建北京乳品厂。伊利集团北京乳品厂地处北京密云县工业开发区，占地７０．７１５亩，引进具有世界先进水平的前处理（瑞典生产）设备和罐装（意大利生产）设备，一期设计日处理鲜牛奶２００吨，二期达到５００吨，生产保鲜纯牛奶和纯酸牛奶，前期开发新产品两大系列十几个品种。产品在北京地区上市后供不应求，“伊利”保鲜纯牛奶、纯酸牛奶受到了北京消费者的青睐。